分子對接（molecular docking）是指利用“鎖鑰原理”搜索配體結合到受體上時最佳的結合構象。分子對接可評價藥物等配體與受體的親和力大小，并分析他們的結合模式。是一種基于結構的藥物設計方法，在酶學研究及藥物設計領域有著廣泛的應用。主要包括：小分子抑制活性、催化結合構象、蛋白-蛋白相互作用等。

實驗項目：

1.小分子/多肽-蛋白  對接

主要用于蛋白酶抑制劑設計，包括：

1）抑制劑活性預測

2）蛋白-抑制劑相互作用機理解釋

3）抑制劑構效關系分析

4）關鍵氨基酸分析

2.小分子/多肽-RNA/DNA  對接

主要用于核酸抑制劑設計，包括：

1）抑制劑活性預測、結合機理解釋

2）抑制劑構效關系分析

3）關鍵堿基分析

3.蛋白-蛋白  對接

主要用于蛋白抑制劑、免疫共沉淀，包括

1）蛋白-蛋白相互作用分析

2）關鍵氨基酸分析