靶標釣取(target fishing),是指利用已知靶標的小分子藥物庫,通過結(jié)構(gòu)相似性、化學環(huán)境的相似性等匹配原則,計算目標小分子與庫中各藥物的匹配得分,進而預測目標小分子的靶標。一個明確的藥物靶標是后續(xù)藥物構(gòu)效分析、藥物機機理解釋、苗頭化合物篩選、先導物化合物設(shè)計等的重要基礎(chǔ)。在藥物設(shè)計及生物醫(yī)藥相關(guān)的研究中
2022-01-07 【檢驗檢測常見問題】 Tags: 分析儀器 計算機輔助藥物設(shè)計 靶標釣取
分子對接(molecular docking)是指利用“鎖鑰原理”搜索配體結(jié)合到受體上時最佳的結(jié)合構(gòu)象。分子對接可評價藥物等配體與受體的親和力大小,并分析他們的結(jié)合模式。是一種基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計方法,在酶學研究及藥物設(shè)計領(lǐng)域有著廣泛的應(yīng)用。主要包括:小分子抑制活性、催化結(jié)合構(gòu)象、蛋白-蛋白相互作用等。實驗項目:1.小分
2022-01-07 【檢驗檢測常見問題】 Tags: 分析儀器 計算機輔助藥物設(shè)計 分子對接
虛擬篩選(virtual screening),即利用化學信息學建立藥物活性與化合物結(jié)構(gòu)的關(guān)系,并從待篩選庫中篩選潛在活性小分子的方法,是目前廣泛應(yīng)用的藥物計算方法。通常的篩選方法有類藥性篩選、相似性篩選ADMET篩選、基于分子對接的虛擬篩選和藥效團篩選等等。篩選規(guī)則:在藥物的虛擬篩選中,常常需要考慮類藥性等基本篩選條件
2022-01-07 【檢驗檢測常見問題】 Tags: 分析儀器 計算機輔助藥物設(shè)計 虛擬篩選
拉氏構(gòu)象圖,根據(jù)蛋白質(zhì)中非鍵合原子間的最小接觸距離,確定哪些成對二面角(Φ、Ψ)所規(guī)定的兩個相鄰肽單位的構(gòu)象是允許的,哪些是不允許的。可用來鑒定蛋白質(zhì)構(gòu)象是否合理。常常作為同源模型的評價指標。
2022-01-07 【檢驗檢測常見問題】 Tags: 分析儀器 計算機輔助藥物設(shè)計 拉氏構(gòu)象圖
同源建模(homology modeling),即將一個與目標蛋白具有良好同源性的蛋白的三維模型作為模板,預測目標蛋白的三維結(jié)構(gòu)。蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)作為基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計和理解其生物學功能的重要基礎(chǔ),具有不可替代的作用。但目前蛋白晶體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫中的已知蛋白晶體結(jié)構(gòu)有限。同源建模構(gòu)建蛋白的三維結(jié)構(gòu),具有良好的可信度,是目前
2022-01-07 【檢驗檢測常見問題】 Tags: 分析儀器 計算機輔助藥物設(shè)計 同源建模
分子動力學模擬(molecular dynamics simulation)是一種基于物理、化學、數(shù)學等學科,模擬粒子體系的微觀運動的方法。在流體動力學、新材料、生物醫(yī)藥等方向應(yīng)用較多。在藥物設(shè)計中可用于藥物與受體相互作用分析、結(jié)合能計算,抑制劑構(gòu)效關(guān)系分析、受體氨基酸突變研究、大分子變構(gòu)調(diào)節(jié)機制研究等等。常用分析:1.模型穩(wěn)定性
2022-01-07 【檢驗檢測常見問題】 Tags: 分析儀器 計算機輔助藥物設(shè)計 分子動力學模擬